遺伝子株編

EST(Expressed Sequence Tag)とは何ですか?

EST(発現配列タグ)とは、配列解析がなされたcDNAクローンの一部を指します。一般的には、cDNAライブラリーからランダムに数百から数千のクローンが抽出されています。これらのクローンは、ベクター側のマルチクローニングサイト近辺にある配列と相同なユニバーサルプライマーを使用して、DNAインサートの両末端もしくはどちらか一方の配列が解析されています。M13フォーワードプライマーの場合には、どのような向きでインサートがクローニングされたかにより、5’または3’末端近辺の存在位置が異なることに注意が必要です。

どのような手順でライブラリーが構築されたのか、また、転写効率の低いmRNAの相対感度を上げるために行われるノーマライゼーションやサブトラクションがどのように行われているのか、下記資料をご参照ください。

著者：Banaldo, M.F., G. Lennon, and M.B. Soares
タイトル：Normalization and subtraction: Two approaches to facilitate gene discovery. Genome Research
該当箇所：6: 791 - 806
出版年：1996

What is an EST?

An EST (Expressed Sequence Tag) is a portion of a cDNA clone that has been sequenced. Usually, several hundred to several thousand clones are isolated at random from a given cDNA library. Clones are sequenced a single time, from one or both ends of the DNA insert, using universal primers which are complementary to the vector at the multiple cloning site. Note that the M13 forward primer may be located near the 5' or the 3' end of the cloned insert, depending on how the inserts were directionally cloned.

For a detailed description of how libraries are constructed and how normalization and library subtraction can be used to increase relative representation of less abundantly transcribed mRNAs, see Banaldo, M.F., G. Lennon, and M.B. Soares (1996). Normalization and subtraction: Two approaches to facilitate gene discovery. Genome Research 6: 791 - 806.

個々のESTクローンの区別は、どのように決められているのですか?

ESTクローンには複雑な番号名やIDが紐付けされています。HG, HT, THCなどから始まる指定番号は、クローンに対する個別の認識番号ではありません。これらは、それぞれヒト遺伝子、ヒト転写因子、EST配列を収集して作った、ひとくくりで表すための単なる認識記号です。個別の遺伝子クローンを特定できる識別名は、ATCC番号、GenBank番号、もしくはdbEST番号、もしくはGDBプローブ番号です。下記のテーブルをご参照いただき、これらの識別番号をご理解ください。

ESTクローンに紐付されている名前と他の個別認識記号について

How are ESTs identified?

A confusing number of names and other identifiers are associated with EST clones. Any designation that begins with HG, HT, or THC is not a unique identifier for a clone. These are aggregate identifiers for human genes, human transcripts, or tentative human consensus sequences generated by assembling EST sequences, respectively. Specific identifiers are ATCC number, clone name, GenBank or dbEST identifier, or GDB probe identifier. To help clarify these identifiers, see the following table.

Names and other identifiers associated with EST clones

誰がESTを作製したのですか?

現在ATCCでは、ヒト遺伝子の大多数を象徴する50万個以上の部分配列解析済みcDNAクローンを分譲しています。また、30万以上のマウスcDNA, 20万のラットcDNAも分譲しています。我々ATCCが分譲しているこれらのEST cDNAコレクションは、下記から提供いただいている遺伝子クローンです。

I.M.A.G.E. (Integrated Molecular Analysis of Genome Expression) Consortium - human, mouse and zebrafish cDNAs

Dr. J. Craig Venter and The Institute for Genomic Research - human and rat cDNAs

J. Sikela - human cDNAs

Minoru Ko - mouse cDNAs

Yoshihiko Yamada - rat cDNAs Ross Whetten - loblolly pine cDNAs

文献:Initial assessment of human gene diversity and expression patterns based upon 83 million nucleotides of cDNA sequence accumulated through April 28, 1995. Adams et al. (1995). Nature 377 (Suppl): 3-174.

The I.M.A.G.E. Consortium: An integrated molecular analysis of genomes and their expression. Lennon, G., et al., (1996). Genomics 33: 151-152.

Who makes ESTs?

ATCC is now distributing more than 500,000 partially sequenced cDNA clones representing the majority of human genes. We also distribute more than 300,000 murine cDNAs and 20,000 rat cDNAs. Our EST cDNA collection includes clones deposited by:

I.M.A.G.E. (Integrated Molecular Analysis of Genome Expression) Consortium - human, mouse and zebrafish cDNAs

Dr. J. Craig Venter and The Institute for Genomic Research - human and rat cDNAs

J. Sikela - human cDNAs

Minoru Ko - mouse cDNAs

Yoshihiko Yamada - rat cDNAs Ross Whetten - loblolly pine cDNAs

References:Initial assessment of human gene diversity and expression patterns based upon 83 million nucleotides of cDNA sequence accumulated through April 28, 1995. Adams et al. (1995). Nature 377 (Suppl): 3-174.

The I.M.A.G.E. Consortium: An integrated molecular analysis of genomes and their expression. Lennon, G., et al., (1996). Genomics 33: 151-152.

他の遺伝子クローンはVerifiedとしてシークエンス確認されているものが提供されているのに対し、なぜESTクローンには再シークエンスされた状態(verified)と未シークエンスの状態(unverified)の商品が提供されているのですか?

研究室での作業の手間や費用など、を削減するため、ESTクローンのインサート配列を片側一方向からシークエンス確認するサービスを依頼することが可能です。（現在は行っておりませんサービスです。）BLAST(blastn)は、報告されている遺伝子の配列情報と比較し確認するために使用されます。配列確認は3週間程度の時間がかかり、配列確認されたクローンの価格は多少高額で提供されることになりますが、ご自身で確認されるよりもコスト効果のあるサービスであると認識しています。なお[EST is verifird]という記載があっても、インサートすべての配列を完全に確認したという意味ではございません。

その他これらクローンを入手する方法としては、配列確認は行っておりませんが、マイクロタイタ―プレートの形態で、比較的安価でのご提供もいたしております。しかしながら、この商品は低価格の商品であることから、宿主菌が不生育であるといった状況でない限り、代替品をご提供できない商品となっています。過去に他のお客様が配列確認をご依頼をいただいたクローンである場合、次に同じクローンをご利用いただく方は「配列確認されたクローン」として入手いただくことになります。

Why are some EST clones offered as unverified and verified (resequenced) while others are offered only as verified?

To save labor, expense and critical laboratory time on your part, you can request that any EST clone be verified by single pass resequencing from one end of the insert. BLAST (blastn) will then be used to confirm that the clone contains the sequence that was reported for it. Although resequencing takes up to three weeks and resequenced clones sell at a slightly higher price, we offer this service as a cost-effective alternative to having to verify each clone yourself. Only the EST is verified; the complete insert is not sequenced.

Alternatively, these clones are available directly from microtiter plate arrays, without verification, at a lower cost. No replacements are offered under this price structure, except for no growth. Once any customer orders a clone for verification by resequencing, it will be available only as verified.

IMAGEクローンがTest Tubeの寒天上に生育した状態で届いたら、どのように培養すればよいですか?（現在IMAGEクローンの分譲は停止しておりますが、MGCクローンのご提供は継続しております。）

お受け取りいただいたらすぐに、適切な抗生物質を含む新しい培地に移し替えてください。しかしながら、宿主菌に形質転換済みの遺伝子クローンの場合、2-8℃の温度で5-7日間保存していただくことは可能です。

How can I store test tube cultures of IMAGE clones?

It is best to transfer cultures to fresh medium containing the appropriate antibiotic shortly after receipt. However, clone cultures can also be stored at 2 to 8^oC for a period of 5 to 7 days.

MGC(Morecular Genomic Collection)に遺伝子株を寄託するにはどうしたらよいですか?

ご質問等は、ATCCウエブサイトのMake a Depositよりお問い合わせください。

How do I make a deposit into the Molecular Genomics Collection?

See our Make a Deposit to inquire about depositing materials at ATCC.