取り扱い商品

創薬支援サービスはこちら細胞・ヒト組織商材についてはこちらのページで紹介しております。

マイクロバイオーム標品(Microbiome Standard)

マイクロバイオーム標品(Microbiome Standard)

ATCC® マイクロバイオーム標品 概要

ヒト腸内細菌叢(腸内フローラ)や環境微生物叢等のマイクロバイオーム研究において、メタゲノム解析により豊富で有用な情報を入手できるようになりました。しかし、現在広く使用されているプロトコル(ゲノムDNA抽出、PCRによるゲノム増幅、シークエンス及びデータ解析等)は複雑で、各ステップでバイアスが掛かる事が想定されます。

このため、アッセイ標準化(最適化)が重要な課題となっています。なぜなら、これらのバイアスにより微生物コミュニティーの”真”の構成比率が不透明となるために、データの不正確性や誤った結論を導き出される可能性があるからです。

ATCCでは当研究分野におけるプロトコル標準化(最適化)をサポートすべく、菌株及び抽出DNAゲノムを混合したマイクロバイオーム標品(mock community)の分譲を開始しました。

これらの標品はアッセイのばらつきを抑え、有益な比較データを提供し、メタゲノム解析のワークフローやマイクロバイオーム研究のプロトコル標準化(最適化)を可能にします。また、プロトコル検討時にご使用頂く事で、潜在するバイアスを検出し、サンプルから得られる微生物コミュニティープロファイルのアッセイ変動を除去することが可能です。

さらにATCCでは、One Codex社と共同で開発した解析ツールもご提供してます。このツールは標品を用いた際の解析が簡便に行えるよう開発されており、16S rRNA遺伝子解析データ及びショットガンシークエンスデータに対応しています。

商品カテゴリ

商品一覧

参考資料

菌株標品


Individual Strains & Nucleic Acid Standard
(個別菌株&抽出ゲノム)

Individual Strains & Nucleic Acid Standard(個別菌株&抽出ゲノム)

各商品に含まれる菌株および抽出ゲノムは個別にご購入いただけます。
詳しくは下記ページをご確認ください。

*価格についてはお問い合わせください。


State-of-the art Bioinfomatics Tool
(One Codex社と共同開発した解析ツール)

One Codex社解析ツール

*標品購入者のみ使用できる専用の解析ツールです。

特長

  • NGSデータ(FASTQ)のアップロード及び各種設定のみの簡便な仕様
  • 16S rRNA遺伝子解析データ及びショットガンシークエンスデータが使用可能
  • 各微生物の相対値、true positive及びfalse positiveをスコア化

One Codex社解析ツール

NGSデータ(FASTQ)をOne Codex社ATCC標品専用解析ページよりアップロードし、各種設定を行うのみで簡便にご使用頂けます。



One Codex社解析ツール

解析データ例:https://app.onecodex.com/control/sample
解析ツールの使用方法はこちら



One Codex社解析ツール

抽出ゲノム標品(ATCC® MSA-1002™及びATCC® MSA-1003™)の分析データを3種の解析ツールにて比較。One codex社以外の解析ツールでは期待値と異なる解析データとなった。