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Q
YGRRCの酵母株はどのように保存されているのでしょうか?
A
様々な遺伝子が変異組換えされた酵母株は、復帰突然変異体のために選択を最小にするための富栄養培地（nutrient-rich media）で生育が可能で、遺伝子を最大限に安定化させるために液体窒素の気層に保存してください。遺伝子マーカーやバックグラウンドの信頼性のある資源であることが確実に保有されている株であるよう、可能な限りの対策が施されています。
保有されている株は、YEPD寒天培地や他の生育に必要とされる特別に調整された培地において生育し、対数増殖します。酵母の菌細胞は、10%グリセロールに懸濁され、凍結バイアルに入れて密封されます。プログラムされた凍結保存方法にて処理されたのち、そのバイアルは-180℃の液体窒素タンクにて保存されます。分譲用のストックを除き、ATCCでは保管記録、安全性に関する記録、シードストックを保存しています。 |
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Q
How are yeast strains in the YGRRC preserved
A
Yeast genetic strains with mutations in various genes are grown on nutrient-rich media to minimize selection for revertants, then preserved in liquid nitrogen vapor for maximum genetic stability. Every effort is made to preserve the authenticity of strains, assuring a reliable source of genetic markers and backgrounds.
Strains to be preserved are grown to logarithmic phase on YEPD plates or on other special media necessary for growth. Yeast cells are resuspended in 10% glycerol and sealed in freeze vials. After the programmed freeze, the vials will be stored at -180oC in liquid nitrogen tanks. Besides distribution stock, we also maintain archive, safety, and seed stocks.
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Q
YGRRC酵母株を培養する手順を教えてください
A
1. 酵母は、10%グリセロールに入った凍結保存の状態で提供されます。
2. バイアルを融解し、適切な寒天培地（通常はYEPD）にてストリークしてください。
3. 3-4日間もしくはもうしばらく、30℃で生育を始めるまで培養してください。温度感受性のある変異株が生育するには、一般的には23℃でさらに長い時間がかかります。ときどき、生育の遅い株もあり、不生育の株として廃棄する前に、通常の倍のインキュベーション時間を培養してから判断するべきです。
4. 数コロニーをそれぞれ取り分けて、マーカーと倍数性を確認してください。一部、生育が始まったら、独立したコロニーを得るため再ストリークして培養し、数コロニーを得たら上記同様の確認作業を行ってください。
カタログ上に記載される全ての要求事項を正確に満たすため、可能な限りの努力が行われています。しかしながら、酵母株もまた、他のすべての生物システムと同様に、一定の変化が進行します。このために、ATCCに保存された際に提供されていた情報と、お客様が実際お受け取りになられた株とでは、「同じマーカーが存在していない」、「変異が元に戻ってた」、「新しい変異や選択優位性を与えるような抑制が獲得されてた」、または「倍数性が変化していた」などのことが起こりえます。このことから、更なる使用を検討する場合には、まずいくつかのコロニーをチェックしてからご使用されることを推奨いたします。 |
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Q
What is the procedure for reviving a YGRRC culture?
A
1. Strains will be sent to you in the form of yeast cells frozen in 10% glycerol.
2. Thaw the contents of the vial and streak onto the appropriate agar medium (usually YEPD).
3. Allow three to four days or longer for growth to occur at 30oC; temperature sensitive mutants usually require longer times for growth at 23oC. Some cultures may exhibit a prolonged lag period and should be given twice the normal incubation time before being discarded as nonviable.
4. Pick several isolated colonies and check for markers and ploidy. If only a patch of growth occurs, streak out to obtain isolated colonies, pick several and check as above.
Every effort is made to provide strains having the exact requirements as listed in the catalog. However, yeast strains, like every other biological systems, are constantly undergoing change, so the sample you receive may not have exactly the same markers as determined when the strains were stored; reversion of certain mutations may have occurred, new mutations or suppressors which impart selective advantage to the strain may have been acquired, or there may be ploidy changes. We urge checking several colonies of the strains before extensive use.
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Q
遺伝形質で定義されているこれらの酵母株の倍数体チェックはどのように行っているのでしょうか?
A
倍数性の確認は、通常Yeast Genetic Stock Cente（YGSC）で、下記いづれかの方法で行われています。
方法1. もしArg+でcanavanine感受性であると確認されている株である場合、アルギニンを抜いた完全培地に、L-canavanine sulfateを60 ug/ml となるよう調整し、寒天培地上に播種します。プレートを、400 ergs/mm2で紫外線照射してから適切な温度で培養します。Haploidのクローンが3-4日以内に乳頭状の形態（UV照射によりcanavanine抵抗性を示す部位に変異が誘導された状態）を呈す一方で、より多くの倍数性を示すクローンは乳頭状の形態がほんのわずか、もしくは全くない状態（canavanine抵抗性は劣性）になります。稀にHaploidでは、canavanine抵抗性を有していても、乳頭形態が表れることがありますが、非常に低い確立ではあります。
方法2. canavanineに対し乳頭を呈すことのない株は、canavanine抵抗性であり、すべてのArg-株は正反対の交配型（mating type）である既知の半数体株と交配します。雑種（ハイブリッド）は、選択されたのち胞子形成させて分析します。分析された胞子の生育パターンは、倍数性や染色体が再編成された状態を表しています。
サンプル中の15～20%に倍数化した株が見られるのが一般的です。Haploid変異体が必要なのに、すべての株が倍数体であった場合には、遺伝子操作による改変が必要となります。a/aへの倍数化が起こった場合、倍数体クローンを胞子形成させることだけが必要なのであれば、詳細に吟味して、問題となっている変異体の望ましいHaploidを得るために、分析します（またはrandom spore analysisを実施します）。しかしながら、a/aまたはalpha/alphaへの倍数体化が起こった場合、半数体変異体を得るためには4倍体遺伝子解析法（tetraploid genetic procedures）が必要となります。YGSCの科学者は、常に最も簡単なやり方で再現できるよう、また他のHaploidの株を交換することができるようなアドバイスを準備し、また必要とされる遺伝子解析のための適切な株を提供できるように準備をしています。 |
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Q
How is ploidy checked on these genetically defined yeasts?
A
Ploidy is usually checked by YGSC in one of two ways:
Method 1. If the strain being checked is Arg+ and canavanine sensitive, the clones are plated on complete medium minus arginine to which 60 ug/ml of L-canavanine sulfate has been added; plates are irradiated with UV-light at a dose of 400 ergs/mm2 and incubated at the appropriate temperature. Haploid clones show papillation within three to four days (indicative of UV-induced mutation to canavanine resistance) while clones with higher ploidies will show little or no papillation on canavanine (canavanine resistance is recessive). Spontaneous papillation to canavanine resistance also occurs in haploid cells but at a much lower level.
Method 2. Strains that do not papillate on canavanine, those that are canavanine resistant, and all Arg- strains are mated with known haploid strains of the opposite mating type; hybrids are selected, sporulated and dissected. Viability patterns of dissected spores are indicative of ploidy and of other chromosomal rearrangements.
In about 15 to 20% of the samples it is common to find a proportion of diploidized cells. If all cells have diploidized and one needs the haploid mutant, it is necessary to go through genetic manipulations. When diploidization to a/a has occurred, one need only sporulate the diploid clones, dissect and analyze (or do random spore analysis) to obtain the desired haploid of the mutant in question. When, however, diploidization to a/a or alpha/alpha has occurred, tetraploid genetic procedures are required to obtain the haploid mutant. YGSC scientists are always ready to suggest the easiest route to be followed and will substitute other haploid strains, if available, or will try to provide appropriate strains for any genetic analyses that may be required. |
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Q
これら酵母の遺伝子データや実験方法などの情報はどこから得たらよいでしょうか?
A
1. Rose, M.D., Winston, F., and Hieter, P., eds. Methods in Yeast Genetics: A Laboratory Course Manual. Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press; 1990.
2. Guthrie, C., and Fink, G., eds. Methods in Enzymology: Guide to Yeast Genetics and Molecular Biology. Vol. 194, 1991.
3. Broach, J. R., Pringle, J. R., and Jones, E. W., eds. The Molecular Biology of the Yeast Saccharomyces. Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press; 1991.
4. 広範囲な地図（遺伝子的で形態的な）、DNA配列データ、そしてSaccharomyces cerevisiaeに関する他の生物学的情報 が取りこまれているスタンフォード大学のデータベース：Saccharomyces Genome Database（SGD）、から入手可能です。 |
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Q
What are some references on yeast genetics data and laboratory methods?
A
1. Rose, M.D., Winston, F., and Hieter, P., eds. Methods in Yeast Genetics: A Laboratory Course Manual. Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press; 1990.
2. Guthrie, C., and Fink, G., eds. Methods in Enzymology: Guide to Yeast Genetics and Molecular Biology. Vol. 194, 1991.
3. Broach, J. R., Pringle, J. R., and Jones, E. W., eds. The Molecular Biology of the Yeast Saccharomyces. Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press; 1991.
4. Extensive maps (both genetic and physical), DNA sequence data, and other biological information on Saccharomyces cerevisiae have been incorporated into the Saccharomyces Genome Database (SGD) at Stanford University and are available through the Internet at
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Q
「Saccharomyces Genome Deletion Project」とは何ですか?
A
SGDP(Saccharomyces Genome Deletion Project)の最終目標は、各ゲノム遺伝子の機能解析用に中心となる株の完全なyeast deletion mutantsのセットを創出することです。これらのノックアウト株は、NIHのNational Human Genome Research Instituteや、EUROFAN（EUROpean Functional Analysis Network）、カナダの科学者によって資金を助成された米国研究者のコンソーシアムにより開発されてきました。
MATa, MATalpha, 接合型ヘテロの倍数体や 接合型ホモの倍数体を含む20,000以上のdeletion strainsは、このコンソーシアムの研究室によって創出されてきました。これらのdeletion mutantsがATCCに到着すれば、研究用途のコミュニティーに対してのみご提供が可能となります。 |
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Q
What is the Saccharomyces Genome Deletion Project?
A
The goal of the Saccharomyces Genome Deletion Project (SGDP) is to generate a complete set of yeast deletion mutants that will serve as the core set of strains for the functional analysis of each gene of the genome. These knockouts are being developed by a consortium of U.S. investigators funded by the National Human Genome Research Institute of NIH, EUROFAN (EUROpean Functional Analysis Network), and Canadian scientists.
Over 20,000 deletion strains in MATa, MATalpha, heterozygous diploid,and homozygous diploid have been generated by the consortium laboratories. The deletion mutants are made available to the research community after they arrive at ATCC. |
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