500nmの空間分解能かつ全トランスクリプトームが検出対象という唯一のシングルセルレベル空間トランスクリプトーム解析技術です。広い検出領域を有し、組織全体から複数の組織小片まで、様々なサンプルの形状に対応します。Poly-T鎖またはRandom Probeによる生物種を限定しない網羅性を有し、最適化された反応系とプローブ設計により、低コストかつ高い遺伝子捕捉率を実現しました。
Stereo-seq概要
Stereo-seqの技術は、ナノメートルレベルの高解像度と広大な解析領域を両立した空間トランスクリプトミクス技術です。
独自開発のDNAナノボール（直径220nm）により、FFPEを含む多様なサンプルにおいてサブセルラーレベル（550nm）から組織全体の遺伝子発現を空間的に可視化します。また、生物種を問わず、ヒトから植物まで幅広い研究に適用可能です。
技術的原理
Stereo-seqは、チップ上で組織内RNA情報をその場で捕捉し、空間座標バーコーディング（Coordinate ID, CID）を介して細胞の空間的位置情報を復元します。この先進的なアプローチにより、DNBSEQプラットフォームによるシーケンシング後に組織の空間的遺伝子発現プロファイルを実現でき、遺伝子発現、細胞形態、および細胞微小環境間の複雑な相互作用を解明するためのシステムが構築可能です。
真のシングルセル分解能
STOmicsのStereo-seqチップ上に薄切した組織切片を貼り付けることで、組織中のmRNAを捕捉します。このmRNAから次世代シーケンスライブラリーを作製します。
この技術は、DNBテクノロジーを応用して作製されたチップを活用することで、サブセルラーレベルの解像度を実現します。このチップには、中心間距離500nmで配置されたDNBナノボール由来のパターンアレイが設けられており、それぞれのスポットには以下の3つの主要要素から構成されるDNAプローブが機能化されています。
- Spatial Coordination Barcoding（CID）
各キャプチャスポットの空間位置を一意に識別し、転写産物の精密な空間マッピングを可能にします。 - 分子識別子（MID）
元のmRNA分子とPCR重複体を区別するためのランダム配列であり、正確な分子数のカウントを実現します。 - Poly-Tテイルまたはランダマー（ランダム配列）
ポリアデニル化されたmRNAまたはより広範なRNA種を捕捉し、網羅的なトランスクリプト検出を可能にします。
シングルセル空間遺伝子発現解析
希望する解像度や特定の実験ニーズに基づいて空間ビニングを調整することが可能です。また、核染色画像やH&E染色画像を用いることで、正確な細胞セグメンテーションと単一細胞レベルの遺伝子発現結果を得ることも可能です。
広範なキャプチャ領域
多様な組織や器官の研究ニーズに対応するため、最大13cm×13cmの大型チップまで幅広いサイズのチップを提供しています。サンプルのサイズ、解像度、生物学的な背景に応じて最適な研究設定が可能です。
多くの空間トランスクリプトミクスプラットフォームが限られたキャプチャ領域での解析となるのに対し、Stereo-seqはシングルセルレベルの解像度と広い視野を両立することが可能です。
Demonstration of Stereo-seq chip at different sizes
種依存性なし
Stereo-seqは、生物種や組織の種類を問わず、新鮮な組織から固定・凍結、FFPEサンプルの標本に対応します。
新鮮凍結サンプルの場合は、polyAを持つmRNA、FFPEサンプルの場合はランダムプローブを用いてmRNAを補足するため、ヒト、マウス、植物といった種の垣根を越えた空間トランスクリプトーム解析を実現します。この高い汎用性により、基礎医学、創薬研究、農学、進化生物学まで、幅広い分野で強力なツールとして活用されています。
アプリケーション
Stereo-seqは、生命の設計図を空間軸・時間軸で解き明かす革新的な技術です。時空間アトラスの作成、種の進化の追跡、疾患の診断・治療・予後予測に至るまで、生命科学のあらゆる分野で応用が進んでいます。本技術は、生命への理解を根本から深め、未来の医療や科学に大きな変革をもたらす可能性を秘めています。
- 細胞セグメンテーションおよびデコンボリューション注釈の実行
- 空間情報の解読
- 主要な発展点の認識
- 機能遺伝子の位置特定
- 細胞間相互作用の解析
- 疾患における新たなバイオマーカーの発見
Mouse brain single-cell clustering (cellbin) Capture area size: 1cm×1cm
特長
Stereo-seq for Fresh
Frozen Solution v1.3
mRNAのPoly-A鎖をターゲットにしたin situ RNA capture法を採用しており、ヒト·マウス以外の生物やlncRNAなどの非典型転写産物も解析が可能です。新鮮凍結やPFA固定（近日対応予定）サンプルに対応し、全遺伝子をシングルセルレベルで網羅的に発現解析できます。パネルや遺伝子を選ぶ必要がないため、バイアスのない解析が可能です。（RIN≥4で可能）
Stereo-seq OMNI
Stereo-seq OMNIは、FFPEサンプル解析のために開発された空間トランスクリプトミクスソリューションです。ランダムプローブ設計により、正確かつ精密な空間シングルセルレベルのトータルRNA情報を提供します。10mm×10mmの連続組織領域をカバーし、空間トータルRNA情報解析のための高品質データとバイオインフォマティクスワークフローを実現します。
ワークフロー
対応機種
Stereo-seq 対応シーケンサー
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|---|---|---|---|
| 機種名 | DNBSEQ-G400 | DNBSEQ-T1+ | DNBSEQ-T7 |
| 生体組織：
FF（10億 reads） |
1 sample | COMING SOON | 2 sample |
| ホルマリン固定組織: FFPE（30億 reads） |
1 sample *リボソームRNA除去した場合に可能 |
COMING SOON | 1 sample |
Stereo-seqは、DNBSEQシーケンシングと組み合わせることで、真のシングルセル分解能を有する、完全かつコスト効率に優れた空間トランスクリプトミクスソリューションを提供します。特にDNBSEQ-T7は、卓越した精度、柔軟性、コストパフォーマンスにより、空間トランスクリプトミクス解析に最適な選択肢として推奨されます。
製品情報
for Fresh Frozen Solution / STOmics
| 製品名 | キット品番 | 品番 | 構成品名 | 反応数 | 入数 |
|---|---|---|---|---|---|
| Stereo-seq Permeablizization Set for Chip-on-a-slide |
211SP11118 | 211KP11118-02 | Stereo-seq Permeabilization Kit | 8 RXN | 1 |
| 210CP11118-02 | Stereo-seq Chip P Slide （1cm×1cm） | 8 EA | 1 | ||
| 10000033700-02 | STOmics Accessory Kit | 5 PCs | 2 | ||
| Stereo-seq Transcriptomics Set for Chip-on-a-slide |
211ST13114 | 211KT13114-02 | Stereo-seq Transcriptomics T Kit | 4 RXN | 1 |
| 210CT13114-02 | Stereo-seq Chip T Slide （1cm×1cm） | 4 EA | 1 | ||
| 10000033700-02 | STOmics Accessory Kit | 5 PCs | 2 | ||
| Stereo-seq Transcriptomics Set for Chip-on-a-slide |
211ST13004 | 211KT13114-02 | Stereo-seq Transcriptomics T Kit | 4 RXN | 1 |
| 210CT13004-02 | Stereo-seq Chip T Slide （0.5cm×0.5cm） | 4 EA | 1 | ||
| 10000033700-02 | STOmics Accessory Kit | 5 PCs | 2 | ||
| Stereo-seq 16 Barcode Library Preparation Kit |
- | 111KL160-02 | - | 16 RXN | 1 |
| Stereo-seq PCR Adaptor | - | 301AUX001-02 | - | 2 EA | 1 |
| Stereo-Seq Microscope Assessment Chip Slide |
- | 201CT113-02 | - | 3 EA | 1 |
for FFPE/STOmics
| 製品名 | キット品番 | 品番 | 構成品名 | 反応数 | 入数 |
|---|---|---|---|---|---|
| Stereo-Seq Transcriptomics FFPE Set （4RXN） |
211SN114 | 211KN114-02 | Stereo-Seq Transcriptomics N Kit | 4 RXN | 1 |
| 210CN114-02 | Stereo-Seq Chip N Slide （1cm × 1cm） | 5 PCs | 1 | ||
| 310AK002-02 | STOmics FFPE Accessory Kit | 8 RXN | 3 | ||
| Stereo-seq 16 Barcode Library Preparation Kit |
- | 111KL160-02 | - | 16 RXN | 1 |
| Stereo-seq PCR Adaptor | - | 301AUX001-02 | - | 2 EA | 1 |
| Stereo-Seq Microscope Assessment Chip Slide |
- | 201CT113-02 | - | 3 EA | 1 |
G400RS用シーケンス試薬/STOmics
| 製品名 | キット品番 | 品番 | 構成品名 | 反応数 | 入数 |
|---|---|---|---|---|---|
| DNBSEQ-G400RS Stereo-seq Visualization Reagent Set (G400 STO FCL PE75) SM2.0 |
940-001886-00 | - | DNBSEQ-G400RS High-throughput Sequencing Kit | - | 1 |
| - | DNBSEQ-G400RS Sequencing Flow Cell | - | 1 |
T7RS シーケンス試薬/STOmics
| 製品名 | キット品番 | 品番 | 構成品名 | 反応数 | 入数 |
|---|---|---|---|---|---|
| DNBSEQ-T7RS Stereo-seq Visualization Reagent Set (T7 STO FCL PE75) |
940-001895-00 | 940-001892-00 | DNBSEQ-T7RS Stereo-seq Visualization Reagent Kit | - | 1 |
| 940-001890-00 | DNBSEQ DNB Make Reagent Kit | - | 1 | ||
| 310AK002-02 | DNBSEQ-T7RS DNB Load Reagent Kit | - | 1 | ||
| 940-001904-00 | DNBSEQ-T7RS Cleaning Reagent Kit | - | 1 | ||
| 940-001901-00 | DNBSEQ-T7RS Sequencing Flow Cell | - | 1 |
受託会社紹介
受託会社のご案内
シーケンサーをお持ちでないお客様には、下記4社の受託会社にてサポート頂けます。
受託の条件等については、直接、各受託会社さまへお問い合わせください。
STOmics Certified Service Provider イムノジェネテクス株式会社 TEL：04-7192-8732 E-mail：support@immunogeneteqs.com |
同社は、2019年に設立された東京理科大学発認定スタートアップ企業です。特許技術である高感度cDNA増幅法(TAS-Seq2)を用いた、シングルセル解析やT細胞レパトア解析をはじめとした、様々な遺伝子発現解析やセルソーターを用いた検体処理等の受託サービスを提供しています。この度STOmics TechよりCertified Service Providerの認証を受け、STOmicsのフル受託サービスの提供を開始します。 |
 株式会社ハプロファーマ 中央研究所・ゲノムシーケンス解析センター TEL：022-272-2275 E-mail：techservice@haplopharma.com |
同社は、2004年設立のバイオベンチャーで、ゲノム科学を基盤に創薬、診断機器開発、ゲノム解析サービスを展開しています。蛍光ヤヌス粒子など独自技術を活用し、個別化医療やパーソナルヘルスケアの実現も目指しています。東北大学内に自社のゲノム解析センターを備え、小規模な受託シーケンス解析から大規模なヒト全ゲノムシーケンス解析、STOmicsまで幅広く対応可能です。 |
 株式会社生物技研 TEL：042-780-8333 E-mail：dna@gikenbio.com |
同社は、2015年に設立され、DNA・RNAの抽出からバイオインフォマティクスまで一貫して自社で行う体制を整えています。国内でいち早く、2019年にMGI社のシーケンサーを用いた受託解析を開始しました。リーズナブルな価格と短納期の遺伝子解析サービスを提供しています。 |
 株式会社ダナフォーム TEL：045-508-1539 E-mail：NGS.support@dnaform.jp |
同社は、1998年に設立された理研発のバイオベンチャーで、CAGE法による遺伝子発現解析を中心とした受託解析サービスを提供しています。完全長cDNAライブラリーの合成やゲノムシーケンス、ChIP-Seqなどの先端技術にも対応。研究成果の社会実装と高機能な製品・サービスの提供を通じて、未充足のニーズに応えることを使命としています。 |
Stereo-seq OMNI for FFPE（Transcriptomics FFPE）NEW!!
Stereo-seq for Fresh Frozen Solution v1.3（Transcriptomics Solution v1.3）
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